10月20日至30日,中国科学院外国专家特聘研究员、来自西澳大学地球与环境学院的Andrew Whiteley教授率Deepak Kumaresan博士来中科院亚热带农业生态研究所开展外籍特聘研究员项目的合作研究、学术交流等工作。
访问期间,Andrew与Deepak就土壤微生物生态学、微生物地理学、CH4排放的分子生物学机制等领域的最新研究进展与该所研究人员及青年骨干和研究生作了深入的交流和探讨。并分别作了题为“MicroBlitz: One year on and what have we learned about Citizen Science and our environment?”与“Microbial life in Movile Cave (Romania) – an unusual cave ecosystem “Human pathogens in agricultural environments: risks and mitigation”的学术报告。报告内容引起了参会人员的强烈兴趣并展开热烈讨论,报告结束后,两位专家为该所相关青年骨干、研究生开设了为期3天的“下一代环境(组)学数据的生物信息学(Bioinformatics for Next Generation Environmental data)”课程,课程内容包括16S rRNA、功能基因、MG-RAST与IMG平台的基因(组)分析方法等。同时,在课程过程中结合具体数据开展分析,并就实验设计、论文撰写、数据整理与分析等方面开展了详细的讨论,听取了相关科研骨干、研究生的工作进展报告,并提出了报告建议与指导意见。
据悉,Andrew是该所2013年成立的中澳土壤生物系统联合实验室(ISA-CAS and UWA Joint Laboratory for Soil Systems Biology)澳方核心成员之一。Andrew与该所土壤生态过程研究团队在土壤碳氮过程的微生物机制方面开展了实质性的合作,目前相关的合作论文已经投稿至Soil & Tillage Research、Frontiers in Microbiology期刊。Andrew的访问对进一步提升该所土壤微生物生态学的研究水平起到了一定的积极作用。
Prof. Dr. Andrew Whiteley教授,西澳大学State’s newest Premier’s Fellow,他的研究主要围绕陆地、海洋和极地环境微生物多样性进行,应用DNA编码技术解析土壤微生物种群、建立“健康”和“退化”环境的分子微生物指纹图谱。在进入西澳大学之前,他在牛津大学建立了国际著名分子生态学实验室,率先开发了RNA稳定同位素探针、“格里菲斯”DNA和RNA共提取方法等技术,奠定了商品化试剂盒和基于Raman的微生物细胞的显微镜技术的基础。最近他负责了世界上第一个5km分辨率的国家尺度上的微生物多样性图谱,以及相关的土壤健康、环境因素和地理特征。同时,他还致力于研究环境DNA研究的民众参与机制。在Nature等期刊发表了有关分子微生物生态学论文80多篇。文章引用超过5000多次,H指数为40,i指数(论文引用次数超过10次的)为72。
生物信息学课程实例培训