本实用新型公开了一种微生物代谢物多组分分离、纯化及收集装置，涉及微生物技术领域，包括样品盘、压缩空气源、若干试剂瓶、真空泵和加液器，样品盘上沿样品盘的周向设置有若干组管结构，各组管结构包括由内向外设置的若干收集管、样品管和萃取柱，萃取柱分别与各收集管连通，真空泵分别与各收集管连通，压缩空气源分别通过管路与各试剂瓶和样品管连通，各试剂瓶和样品管分别与加液器连通，加液器与萃取柱的位置相对应。本实用新型能够实现大量样品的处理，用于土壤微生物代谢物，如磷脂脂肪酸等混合样品的多组分分离、纯化和收集，适合于科学研究和环境检测部门对多组分有机物的分离、纯化和收集等，实现样品的高通量、前处理。