本发明公开了一种用于猪小肠类器官培养的分子培养基，所述分子培养基由WNR？J2条件培养基和基础培养基组成；所述WNR？J2条件培养基在分子培养基中的体积百分比浓度为50~60%，所述基础培养基由Advanced DMEM/F12、HEPES缓冲液、B27血清替代物、胃泌素I、N？乙酰基？L？半胱氨酸、尼克酰胺10M、L？谷氨酰胺、N2？MAX、乙醇胺和EGF表皮生长因子组成。该分子培养基适用哺乳仔猪、断奶仔猪和肥育猪小肠隐窝分离及培养，猪小肠类器官长期传代及维持和猪肠道营养与疾病建模。