本发明公开了一种基于分子对接模拟计算技术的代谢物肽适体快速筛选方法，该方法包括(1)目标代谢物的确定；(2)获得潜在的与目标代谢物具有结合力的多肽库；(3)潜在多肽库与目标代谢物的分子对接预测等步骤。本方法速度快、目标范围广、无需大量人力物力投入、对实验人员身体无损害，解决了目前肽适体广泛应用的限制因素。本发明可以通过简化肽适体筛选的程序，在最大程度上增大库容，进而便于筛选出特异性与亲和力合适的代谢物肽适体，用于检测试剂盒、传感器等的设计，应用于营养学、生物学以及临床诊断等领域的检测。