本发明公开了一种绿狐尾藻干物质的育苗基质组合物及制备方法和应用，该组合物包括绿狐尾藻干物质、红土、珍珠岩、氮肥、磷肥和钾肥；该组合物的制备方法为：1)绿狐尾藻收获后，晾干水分，获得绿狐尾藻干物质；2)将步骤1)获得的绿狐尾藻干物质粉粹为1？2mm的粒状小颗粒；3)分别取红土、珍珠岩、步骤2)获得的绿狐尾藻颗粒物、氮肥、磷肥和钾肥；4)将步骤3)中的组分混合均匀，即获得一种绿狐尾藻干物质的育苗基质组合物。本发明提供的配方合理，使用方便，育苗基质组合能够为种苗提供充足的养分，具有保水的功效；种苗移栽时，容易取苗，且不伤根，种苗移栽后返青快。