本发明提供了转基因水稻B1C893的旁侧序列核酸，其包括右旁侧序列核酸和/或左旁侧序列核酸；所述右旁侧序列核酸的序列为SEQ ID NO.1或SEQ ID NO.1的片段；所述左旁侧序列核酸的序列为SEQ ID NO.9或SEQ ID NO.9的片段。本发明还提供了与转基因水稻B1C893的旁侧序列核酸互补的核酸。本发明还提供了检测转基因水稻B1C893及其产品的方法、引物、探针、试剂盒、基因芯片和它们的用途。通过上述技术方案，本发明成功地实现了转基因水稻B1C893或者由B1C893通过各种育种方法产生的含有该核酸片段的水稻衍生系及其产品的检测。