2009年10月，依托中国科学院亚热带农业生态研究所，经湖南省科技厅批准，以湖南正虹科技发展股份有限公司，长沙绿叶生物科技有限公司、湖南农业大学、长沙浩博生物科技有限公司、湖南省畜牧兽医研究所和湖南广安生物技术股份有限公司为合作单位，组建了湖南省畜禽健康养殖工程技术研究中心。中心主要围绕养殖业动物自身健康、畜产品安全以及由其带来的环境效应问题，继续开展以提高营养源利用效率、动物生产性能及畜产品品质为主题的营养调控机理与调控技术研究，强化以保障环境安全为主题的排泄物无害化处理和生态管理、耐药性变异微生物多样性和环境危害以及富营养元素和重金属元素减排和免污技术等方面开展研究。
中心重点研究方向为①功能性饲料研发及其对畜禽生长调控机理；②资源节约与环境友好型功能性饲料添加剂研发；③功能性饲料技术标准和信息平台集成；④畜禽养殖污染控制技术研究及工程治理；⑤畜禽养殖预警机制的建立；⑥畜禽养殖业污染环境评价及控制技术。建成了畜禽营养调控研究、细胞及分子生物学研究和微生物学研发平台。获得国家科技进步二等奖1项，湖南省技术发明二等奖1项，湖南省科技进步一等奖1项、二等奖2项、三等奖2项，鉴定科技成果1项；主编、参编中英文专著4部，发表研究论文100余篇，其中SCI 60余篇；获得授权发明专利20项；制定国家标准2项、地方标准4项。建立了安全型饲料生产、生猪绿色养殖、家禽健康养殖及有机肥加工等中心中试（生产）示范基地。开发的技术与成果在20家企业得以转化。培养研究生50余人，已毕业30人，其中第三世界博士后5名，外籍青年研究员2人；培训行业从业人员4000人、技术骨干280人。协助主办了生猪优质健康养殖关键技术国际学术研讨会；与加拿大农业部食品营养研究中心、加拿大圭尔夫大学、日本鹿儿岛大学动物生物化学系等建立了长期合作关系，提高了中心技术平水与知名度。
2012年9月，在湖南省科技厅组织的省工程技术研究中心验收评估中获得“优秀”。中心将在引领我省乃至我国畜禽养殖行业科技进步，促进养殖业可持续发展等方面发挥关键性作用的同时，也将成为成果转移转化的平台！